VŠPJ podala v roce 2022 žádost o stavební povolení na výstavbu kolejí, vůči které podali námitky vlastníci sousedních nemovitostí, kteří se snaží účelově zabránit realizaci tohoto veřejně prospěšného záměru. Po věcné stránce byly všechny námitky ve všech stupních řízení postupně odmítnuty jako nerelevantní. Postup této skupiny účastníků řízení byl s ohledem na zřejmou právní snahu co nejvíce stavební řízení komplikovat a ztížit považován za šikanózní, a to postupně stavebním úřadem, odvolacím krajským úřadem, nadřízenými orgány při přezkumu všech závazných stanovisek dotčených orgánů a dokonce orgány nadřízenými těmto odvolacím orgánům a následně i krajským soudem, který konstatoval, že stavební povolení je vydáno zcela v souladu se zákonem a správně. Ve věci byla dokonce vznesena námitka tzv. systémové podjatosti, kdy stavební řízení muselo být přesunuto do Havlíčkova Brodu a do Středočeského kraje. Poté, co na základě pravomocného stavebního povolení VŠPJ obdržela veškeré potřebné dotace a zahájila výstavbu, podal společný právní zástupce vlastníků nemovitostí advokát Mgr. Smrčka další návrh na přezkum stavebního povolení, tzv. kasační stížnost k Nejvyššímu správnímu soudu, se kterou spojil žádost o odklad účinnosti stavebního povolení.

VŠPJ podala obratem stížnost na podjatost soudců NSS, neboť z veřejně dostupných zdrojů zjistila, že advokát Mgr. Smrčka pracoval se soudci NSS, kteří o věci rozhodovali, ve stejném senátu NSS. Vydání usnesení 9 As 184/2024 – 98 ze strany NSS o odkladu výstavby, které je dle názoru VŠPJ nezákonným rozhodnutím, může VŠPJ reálně způsobit značné škody a může dokonce zmařit i výstavbu kolejí, tak budí pochybnost nejen po právní stránce, ale i z pohledu nestrannosti soudců Nejvyššího správního soudu, kteří se na jeho vydání podíleli. To je v kontextu obecně kritizované přebujelosti a neprůchodnosti stavebního řízení a machinací, které taková řízení často provází, skutečně alarmující.